По сюжету действия происходят в 1942 году через несколько месяцев после событий, когда союзникам удалось разгадать код шифровальной машины «Энигма», а на оккупированных территориях развернулась новая волна антинацистского движения. Команде известной субмарины во главе с новым капитаном Клаусом Хоффманом придется пройти через еще более жесткие испытания и военные столкновения.
Сериал «Подводная лодка» – это история о сложном выборе, выживании, пределах человеческих чувств и жесткой правде жизни во времена бессмысленной войны.
В сериале использовали «U-612», модель подлодки «S-33», построенной на Мальте. Её же использовали в съёмках фильма Джонатана Мостоу «Ю-571» (2000).
Действие разворачивается в 1942 году – через 9 месяцев после событий, о которых говорилось в военной драме Вольфганга Петерсена «Подводная лодка» (1981).