Во время съёмок фильма погиб пилот и лётный инструктор, аэрофотооператор Арт Шолль (1931-1985). Это случилось, когда он не сумел вывести из штопора операторский самолёт «Pitts S-2», который в результате рухнул в воды Тихого океана. Его последними словами, переданными по рации, были «У меня проблема. Причём серьёзная». Причина авиакатастрофы так и осталась невыясненной, ни самолёт, ни тело пилота так и не обнаружили. Фильм посвящается памяти Штолля.
В офицерском клубе героиня Келли МакГиллис встречается с Питом Петтигрю. Это американский пилот в отставке, один из инструкторов программы «Top Gun». Во время войны во Вьетнаме Петтигрю сбил советский «МиГ». В съёмочной группе фильма он исполнял обязанности технического консультанта.
Вэл Килмер не хотел сниматься в этом фильме и дал согласие на съёмки только потому, что был связан условиями контракта. Уговаривал его сниматься сам режиссёр Тони Скотт (1944-2012). Кончилось тем, что актёр своё мнение поменял на противоположное, и фильм (как и его собственная в нём работа) даже стал ему нравиться.
За использование в фильме самолётов и авианосцев кинокомпания «Paramount Pictures» уплатила Пентагону $1,8 миллиона.
Единственным, кого не стошнило на съёмках в кабине самолёта, стал Энтони Эдвардс.
Том Круз поначалу не хотел сниматься в этом фильме. Уговаривал его продюсер Джерри Брукхаймер. Актёр согласился после того, как полетал с «Голубыми ангелами» (это пилотажная группа ВМС США).
Пилотом «F-14», который показал пилоту «МиГа» средний палец, был Скотт Д. Олтмэн из авиационного подразделения ВМС США «VF-51», известного как «Кричащие орлы». Впоследствии он станет астронавтом НАСА и примет участие в двух космических миссиях в качестве пилота шаттла, а затем ещё в двух, но уже в качестве командира экипажа.
Прообразом героини Келли МакГиллис стала Кристина Фокс, с которой продюсеры познакомились в рамках подготовки к съёмкам. Фокс начинала как гражданское лицо, лётный инструктор, но стабильно поднималась по карьерной лестнице в Пентагоне, и в мае 2014 года ушла в отставку уже с поста заместителя министра обороны, став первой женщиной, достигшей таких карьерных высот.
ВМС США дали добро только на два ракетных пуска в процессе съёмок. Сняли их с разных ракурсов и с разного расстояния, а потом показывали в различных сценах фильма, когда это требовалось по сценарию. Во всех остальных случаях использовались съёмки миниатюрных моделей. Компании, занимавшейся конкретно этим вопросом, удалось показать выстрелы так реалистично, что военное руководство даже всерьёз заинтересовалось, не сняты ли в этих случаях настоящие пуски ракет, и провело специальное расследование.
Вначале фильма Тони Скотт хотел показать взлёт и приземление самолётов на палубу авианосца, снимая против солнца. В какой-то момент капитан авианосца изменил курс, когда же Скотт спросил его, нельзя ли вернуться на прежний курс, тот ответил, что каждое изменение курса обходится в $25 000. Скотт немедленно выписал капитану чек ровно на такую же сумму (потом, правда, выяснилось, что чек у того не приняли).
Напряжённость в отношениях между персонажами в исполнении Тома Круза и Вэла Килмера присутствовала не только во время съёмок. И вне съёмок тоже актёры держались друг от друга подальше и в неформальной обстановке друг с другом не общались.
По просьбе кинокомпании «Paramount Pictures» в авиастроительной компании «Grumman» установили на «F-14» специальные камеры, так что киношники смогли заполучить настоящие кадры реактивного палубного истребителя-перехватчика в бою, сделанные с самого самолёта.
На волне невероятной популярности фильма ВМС США начали заниматься вербовкой персонала и лётного состава прямо в кинотеатрах, когда разгорячённые увиденным зрители после сеанса шли к выходу. В результате всего этого с набором желающих записаться в ВМС США несколько лет не было никаких проблем.
Когда героиня Келли МакГиллис признаётся персонажу в исполнении Тома Круза, что ей не хотелось бы афишировать перед посторонними тот факт, что он ей нравится, Том Круз должен был среагировать на это репликой, но реплику он забыл, так что просто поцеловал МакГиллис. Тони Скотту этот неожиданный поворот так понравился, что он решил оставить его в фильме.
По окончании съёмок фильма некоторые «F-5», использованные в процессе работы над фильмом в качестве «МиГов-28», сохранили чёрную раскраску и ещё некоторое время в симуляциях в рамках программы «Top Gun» применялись в качестве вражеских самолётов.
Ещё до выхода фильма в широкий прокат его показали фокус-группе, но зрителям не понравилось отсутствие в фильме романтических сцен. Продюсеры решили пойти публике навстречу, и через пять месяцев после окончания работы над фильмом они вызвали Тома Круза и Келли МакГиллис в Чикаго, чтобы снять сцену в лифте и сцену, в которой эти персонажи занимаются любовью. За это время актриса похудела на 7 с лишним килограммов, а Круз уже приступил к съёмкам у Мартина Скорсезе в драме «Цвет денег» (1986), и волосы у него уже были заметно длиннее, чем на съёмках «Лучшего стрелка». Цвет волос МакГиллис был темнее, чем во время съёмок «Лучшего стрелка», так что в сцене в лифте в Чикаго их было решено скрыть.
Пентагон потребовал предоставить ему право одобрить (или не одобрить) сюжет, чтобы убедиться в том, что ВМС США будут показаны с самой лучшей стороны. Именно по требованию Пентагона причину гибели пилота в исполнении Энтони Эдвардса изменили со столкновения с другим самолётом в воздухе на неполадки во встроенной системе катапультирования. Были опасения, что зрители решат, будто слишком уж много самолётов разбивается.
Вскоре после выхода фильма на экраны был написан сценарий сиквела «Лучший стрелок — 2», но в процессе предпроизводства от идеи снимать продолжение отказались по следующим причинам: 1) военные технологии стали совершеннее, чем прежде, и чинам Министерства обороны не хотелось «светить» перед киношниками новые самолёты; 2) Том Круз был категорически против сиквела и согласился на съёмки только за огромный гонорар, который авторам фильма был бы просто не по карману. По сценарию сиквела героя Тома Круза продолжал службу уже в должности инструктора в учебном заведении программы «Лучший стрелок», а в числе курсантов у него была бы задиристая девица, с примерно таким же, как у него самого, характером.
В последней сцене, когда персонаж Тома Круза сидит у стойки питейного заведения, кто-то ставит в музыкальном аппарате композицию 1964 года «You've Lost That Loving Feeling», и Том Круз с Келли МакГиллис начинают идти навстречу друг другу, актриса шла по траншее, которую выкопали члены съёмочной группы для того, чтобы главные герои в этой сцене казались одного роста.